Revue de la literature sur le Covid-19 à l’aide d’outils bioinformatiques

Abstract

Le SARS-CoV-2 est un nouveau coronavirus identifié comme la cause de la maladie à coronavirus de 2019 (COVID-19) qui a débuté à Wuhan, en Chine à la fin de 2019 et s'est propagé dans le monde entier. Les coronavirus codent pour quatre protéines structurelles majeures, à savoir la pointe (S), la membrane (M), l'enveloppe (E) et la nucléocapside (N). Notre situation mondiale actuelle nécessite un besoin urgent de développement rapide de vaccins tout en respectant des directives strictes la sécurité des vaccins contre le SRAS-CoV-2. Bien qu'il y ait un fort optimisme pour candidats vaccins de stade avancé et approbation réglementaire imminente, le sur le terrain doit également être préparé pour une mutation potentielle du SRAS-CoV-2 comme ses récurrences saisonnières. De plus, nous devons développer des contre-mesures contre d’autres agents pathogènes émergents. En particulier, le fragilité structurelle et immunogénicité sous-optimale de nombreux vaccins Les candidats doivent être adressés. Le NCBI abrite une série de bases de données relatives à la biotechnologie et à la biomédecine et constitue une ressource importante pour les outils et services bioinformatiques. De nombreuses informations importantes sont fourni par le format GenBank telles que la longueur de la séquence, la division GenBank, le numéro d'accession. Dans ce travail, nous avons utilisé le programme BLASTN pour identifier et caractériser la séquence du SARS-CoV-2 par rapport aux séquences du SARS￾CoV et du Bat-CoV; RaTG13. D'après l'alignement par BLASTN, nous pouvons noter qu’une identité de séquence au niveau nucléotidique égal à 82,3% pour le SRAS- CoV et 92,96 % pour le Bat-CoV ; RaTG13. Aussi, la séquence de Bat-CoV; RaTG13 correspond mieux à notre séquence du SRAS-CoV-2 qu'à la séquence du SRAS-CoV. Notre travail avec les études antérieures de la littérature confirment que les protéines SARS-CoV-2 et Bat￾CoV; RaTG13 partagent une identité et une similitude élevées par rapport aux protéines SARS-CoV-2 et SARS-CoV.