Certaines analyses bio-informatiques des plus importantes protéines de SARS-CoV-2

Abstract

Le Covid-19 est une maladie respiratoire causée par un virus connu sous le nom de SARS-CoV-2. Ce virus a été la cause de décès de plus de 6 millions de personnes à l’échelle mondiale d’après les estimations de l’OMS de mois de juin 2022. Une telle invasion contagieuse et résistance anti￾immunitaire sont, dont la plupart de cas, originaires de la particularité des protéines caractérisant le virus de SARS-CoV-2. Ainsi, depuis son apparition le monde s’est dirigé vers les recherches de caractérisation in vitro et in silico des protéines de SARS-CoV-2, afin de développer des nouveaux vaccins et médicaments contre le Covid-19. Notre travail s’inscrit dans ce contexte. Dans ce sens on a réalisé une étude in silico (analyses bio-informatique) sur les protéines de SARS-CoV-2 (protéine membranaire, nucléoprotéine, petite protéine d’enveloppe, protéine spike, polyprotéine réplicase 1a et polyprotéine réplicase 1ab). Pour cela, ces protéines ont été affrontées face aux plusieurs outils et programmes bio-informatiques (BLAST, Clustal Omega, COBALT, Jalview, Prosite, SOPMA, I-TASSER server, GPMAW). A travers cette étude nous avons contribuer, notamment, à la détermination des régions conservatives « responsables à la fonction de ces protéines » (y parmi : (91)MWLSYFIA(98) pour la protéine membranaire, (114)GTG(116) pour la nucléoprotéine, (40)CAYCCNIVNVSLVKPSFYVYS(75) pour la petite protéine d’enveloppe, (1212)KWPW(1214) pour la protéine spike, (1118)VGP(1120) pour la polyprotéine réplicase 1a). Nous avons, également pu établir la structure 2 dimensionnelle et 3 dimensionnelle qui sont tous essentiels pour mieux comprendre et interpréter les fonctions, les interactions, le mécanisme d’autoassemblage et etc. de ces protéines ainsi que le mécanisme de l’infection et le mode de cicle de vie de ce virion. D’autre part, la caractérisation physicochimique réalisé d’une manière in silico de ces protéines, peut être utilisées pour aider dans les essais expérimentaux ou la séparation et la purification des protéines de SARS-CoV-2.