Nouveaux dérivés de l'amoxicilline: Docking in silico, prédiction ADMET et simulation de dynamique

Abstract

Le présent mémoire porte sur la génération et l'évaluation in silico de 256 composés dérivés de l'amoxicilline, un antibiotique couramment utilisé, ces composés a été réalisée en utilisant le logiciel SmiLib 2.0, et en utilisant une approche de génération vertueuse. Par la suite, ces composés ont été évalués pour leurs propriétés pharmacologiques, médicales, pharmacocinétiques, ainsi que leur simultanéité médicamenteuse et leur toxicité, à l'aide des serveurs en ligne Swiss ADME et Protox. Ces outils ont permis de prédire diverses propriétés telles que la solubilité, la biodisponibilité, la toxicité potentielle et les interactions avec les protéines cibles. En suite, une étude de docking moléculaire a été réalisée pour évaluer l'interaction entre les composés générés et les protéines cibles des bactéries E.coli et Streptococcus. Le docking moléculaire est une méthode de simulation qui permet de prédire l'affinité et le mode de liaison des ligands avec leurs cibles protéiques. Les résultats ont révélé que le composé Amox9 a présenté la meilleure interaction avec E.coli, avec une énergie libre de liaison (ΔG) de -9,21 KJ/mol. De même, le composé Amox5 a montré une interaction prometteuse avec Streptococcus, avec une énergie libre de liaison (ΔG) de -7,81 KJ/mol. Ces valeurs d'énergie libre de liaison sont supérieures à celles de l'amoxicilline de référence, indiquant un potentiel accru d'activité inhibitrice contre les bactéries cibles. Ces résultats suggèrent que les composés dérivés de l'amoxicilline, notamment Amox9 et Amox5, pourraient constituer de nouvelles options prometteuses dans le développement d'agents antibactériens. Les résultats obtenus fournissent des informations précieuses pour la conception rationnelle de nouveaux agents antimicrobiens et ouvrent la voie à de futures recherches expérimentales visant à valider l'activité antibactérienne de ces composés. L'objectif principal de cette étude était d'identifier de nouveaux composés potentiellement actifs contre deux types de bactéries courantes, à savoir E.coli et Streptococcus.